Organi Komisije su: Savet Komisije (u daljem tekstu: Savet) i predsednik Komisije.

Predsednik Komisije i članovi Saveta biraju se iz reda uglednih stručnjaka iz oblasti prava i ekonomije sa najmanje deset godina relevantnog radnog iskustva, koji su ostvarili značajne i priznate radove ili praksu u relevantnoj oblasti, naročito u oblasti zaštite konkurencije i evropskog prava i koji uživaju ugled objektivne i nepristrasne ličnosti.
Predsednika Komisije i članove Saveta bira i razrešava Narodna skupština na predlog nadležnog odbora za poslove trgovine. Izbor predsednika Komisije, odnosno članova Saveta vrši se sa dve odvojene liste kandidata koje sadrže najmanje isti, a najviše dvostruko veći broj kandidata od broja koji se bira. Za predsednika Komisije, odnosno članove Saveta, izabrani su kandidati koji dobiju najviše glasova na svakoj listi ako su dobili većinu glasova od ukupnog broja narodnih poslanika. Isto lice može biti kandidat na obe liste i ako bude izabrano sa liste za predsednika Komisije neće se uzeti u obzir rezultat glasanja za to lice na drugoj listi. Izbor organa Komisije vrši se po javnom konkursu koji oglašava predsednik Narodne skupštine, najkasnije tri meseca pre isteka mandata predsednika Komisije i članova Saveta, odnosno neposredno po prestanku ili razrešenju u smislu člana 24. ovog zakona.

U Komisiji je obrazovan Kabinet Predsednika kao posebna unutrašnja jedinica.

Stručna služba Komisije (u daljem tekstu: Stručna služba) obavlja stručne poslove iz nadležnosti Komisije u skladu sa Zakonom, Statutom i drugim aktima Komisije.

Van unutrašnjih organizacionih jedinica Stručne službe obavljaju se i poslovi vezani za članove Saveta, Sekretara i poslovi interne revizije.

Sekretar rukovodi Stručnom službom Komisije u kojoj se obavljaju organizacioni, kancelarijski i stručno – operativni poslovi, čijim se vršenjem obezbeđuje efikasan i usklađen rad svih unutrašnjih organizacionih jedinica Komisije, aministrativno-tehnički, kao i drugi poslovi od interesa za Komisiju kao celinu. Sekretara postavlja Savet većinom glasova. Za svoj rad Sekretar odgovara Savetu.

Za obavljanje poslova iz nadležnosti Komisije za zaštitu konkurencije u Stručnoj službi obrazuju se sledeće unutrašnje organizacione jedinice:

1. Sektor za ispitivanje koncentracija;
2. Sektor za utvrđivanje povreda konkurencije;
3. Sektor za pravne poslove, domaću i međunarodnu saradnju;
4. Sektor za ekonomske analize;
5. Sektor za materijalno-finansijske poslove;
6. Sektor za normativno-pravne, kadrovske i opšte poslove.