Komisija je osnovana Zakonom o zaštiti konkurencije („Službeni glasnik Republike Srbije“ br. 71/05) i nastavila je sa radom saglasno Zakonu o zaštiti konkurencije („Službeni glasnik Republike Srbije“, br.51/09 i 95/2013 ) u daljem tekstu: Zakon), kao samostalna i nezavisna organizacija koja vrši javna ovlašćenja.
Sredstva za rad Komisije obezbeđuju se, u skladu sa Zakonom, iz sopstvenih prihoda koje Komisija ostvari obavljanjem poverenih poslova. Komisija ne koristi budžetska sredstva.
Komisija se finansira, u skladu sa članom 31. Zakona, iz prihoda koje ostvari obavljanjem poslova, a naročito iz: 1) prihoda od izdavanja rešenja i drugih akata iz svoje nadležnosti u skladu sa zakonom; 2) donacija, osim donacija učesnika na tržištu na koje se primenjuje ovaj zakon; 3) prihoda od prodaje publikacija Komisije; 4) drugih izvora u skladu sa zakonom.
Tarifiranje poslova iz nadležnosti Komisije, utvrđeno je Tarifnikom koji je donela Komisija i na koji je Vlada dala saglasnost.
Finansiranje rada Komisije vrši se u skladu sa finansijskim planom koji za svaku godinu donosi Komisija i podnosi Vladi radi dobijanja saglasnosti najkasnije do 1. novembra tekuće godine za narednu godinu. Ako se godišnjim obračunom prihoda i rashoda utvrdi da su ukupno ostvareni prihodi Komisije veći od ostvarenih rashoda, razlika se nakon izdvajanja sredstava za rezerve, uplaćuje u budžet Republike Srbije.
Finansijsko poslovanje Komisije je predmet revizije Državne revizorske institucije. Komisija objavljuje završni račun najkasnije tri meseca po završetku finansijske godine.