Komisija za zaštitu konkurencije je Zakonom definisana kao samostalna i nezavisna organizacija koja vrši javna ovlašćenja i koja za svoj rad odgovara Narodnoj skupštini kojoj podnosi godišnji izveštaj o radu.

Nezavisnost Komisije od izvršne vlasti obezbeđuje se načinom izbora organa Komisije, odnosno predsednika Komisije i članova Saveta Komisije, ali i kroz finansijsku nezavisnost, s obzirom na to da se Komisija finansira iz sopstvenih prihoda i donosi godišnji finansijski plan na koji Vlada Republike Srbije daje saglasnost.